為了讓即將消逝的眷村文化得以保存，眷村博物館於2002年12月底開始啟用一樓，並於2006年10月28日完成二、三樓擴建計畫，館舍重新啟用開放。
眷村博物館現址為1970年代建築，原為新竹市調查站，後轉為新竹市環境保護局使用。

全館為三層樓建物，一樓規劃為眷村歷史背景區，並陳列全台唯一的黑蝙蝠中隊（空軍三十四中隊）相關文史資料；二樓則規劃為眷村生活情境區，以造景的手法保留眷村即將消逝的獨特生活容貌；三樓展出新竹市眷村改建的過程與目前現有狀況，並定期規劃眷村文化相關特展。

眷村博物館的設立，彷彿穿越時光隧道，緬懷過去時光，讓許多民眾在參觀之餘，瞭解當年軍榮眷的生活，重拾此世代族群的真實面貌與尊嚴，更從歷史、生活美學與社區等面向保存與研究眷村文物，推廣台灣多元族群文化。