這是北台灣第一間西醫院，為 1879 年馬偕獲一位同姓馬偕婦人為紀念亡夫之二千五百元捐款而改建的，於 9 月 14 日落成，名「滬尾偕醫館」，之前馬偕也曾在此租屋為診所，名「滬尾醫館」，加拿大曾派華雅各 Dr. J. B. Fraser 醫師到此任院長達二年。1877年曾在此發現全球首宗「肺蛭蟲」病例，而名聞一時。此醫館建築為馬偕所設計，屋體為閩南式民宅，卻有西洋門窗，極富趣味，樸實的外貌很難讓人聯想到是台灣現代醫學發祥地，其實偕醫館是具水準的醫院，有病例檔案、醫學報告發行，病人掛號時以黑、白木札分初診、複診，候診時還有衛生保健、天足運動等民眾衛生教育。

此醫館不僅因造福民眾而享聲譽，1884年中法戰爭時也因搶救傷兵而獲軍功。當時英艦軍醫伯朗救癒傷勇百餘人，馬偕學生嚴清華也因動員教徒，拆門扇板為擔架館內醫生鍾森和搶救傷兵有功，而獲五品軍功。

馬偕過世後，後人因應時局需要，於1912年移往台北新建的現代化院舍，即今馬偕紀念醫院，此後八十年間建築體也多次修茸，但大致完整保存至今，管理權屬淡水教會。

目前醫館裡還保有洗濯台、壁爐、門鐘，及早年病床等設施，和馬偕的風琴、藥罐、拔牙工具等珍貴文物。