慈雲寺位約中和市圓通路369巷66號前方，即圓通寺後之柯子崙山頂。該寺座落於群峰之中，建物面積有四百坪。

現任住持是釋真見法師，民國八十五年四月就任。該寺主祀觀世音菩薩，副祀釋迦牟尼佛、大智文殊菩薩、普賢菩薩。

該寺所在之柯子崙，由圓通寺修築登高步道可以直上，附近地形特異，多奇岩怪石。

民國四十三年（一九五四）農曆六月十九日發生一場大火，延燒了十八餘甲山林，當大火蔓延到圓通寺後山的柯子崙後，便逐漸轉弱，火勢亦因此得以控制，只有柯子崙山上一小塊林地完好如初，方知為昔年慈雲山石舊址…咸認為觀世音菩薩顯靈，因緣所至，圓通寺住持妙清法師，倡議於舊址重建寺廟，並屬其徒達進法師擔任重建後的第一任住持，負責一切重建事宜。民國四十三年農曆九月二十二日，慈雲寺在陳、林兩位地主獻地之下，順利破土興工。泥水師泰山人陳榮，木工師傅圓山人陳舉，皆為一時名手，在眾人努力之下，慈雲寺終於興建完成。在動工開挖地基時，工人於地下三尺處發現福建粗磚，及觀音像的橘色福建磚底座。眾人根據前後地形推測，當初大火極可能是因為受阻於這塊二、二百坪的基地，纏無法繼續蔓延。為保留古蹟，故仍似「慈雲」命名，今之慈雲寺由是而來也。完工後的慈雲寺，為一樓飛簷平房，牆壁以綱筋水泥及岩石砌成，屋頂脊樑以台灣杉木架設，外形樸雅。正殿兩側，均有與正殿垂直的房屋，兩屋盡頭則有與正殿平行的房子。中間形成一個院落，其配置格局為中國傳統的「四合院」式設計，特徵與台灣一般民宅之祖桐、或富裕農民的大宅院類似。

慈雲寺終於在民國五十八年（一九六九）農曆一月二十二日竣工，達進法師將當時開挖地基所發掘的古磚，就其中若干較為完好的部分，保存於寺廟之中。今日慈雲寺一樓圓通菩薩殿頂禮處的踏腳石，即是百年前古廟的磚塊。

慈雲寺後，原有一排用山石砌成的牆，牆外有一條風景優美的步道，此牆係先民開闢中和時所建的「防番」堡壘。然而，這座古堡所在土地，近年被某財團購地興建大規模墓園，舊貌已破壞殆盡，古堡亦不復存在，至為可惜。

慈雲寺落成後，由達進法師住持，雖僅大殿三檻，但香火鼎盛，膜拜者日多，逐漸不敷容納，重大祭典時，甚至無立足之地。此後歷年，均有增建，時至今日，講堂、齋堂、客廳等，次第完成。正殿亦於民國六十三年（一九七四）擴建。目前慈雲寺建築，為大雄寶殿雄峙於中，殿分三層，巍峨雄壯，蔚為大觀。此外，亦闢有環山道路，汽車可直抵山門，成為近年台北地區佛教名剎，每逢假日，遊人如織。

慈雲寺為佛寺，祭祀活動較道教廟宇單純，年中祭祀以釋迦牟尼誕辰、出家、成道日、農曆新年，以及中元普渡節慶較為盛大。其中，每年的中元普渡，寺內舉行超渡法會尤為熱鬧。觀世音菩薩祭祀日有三：每年農曆二月十九日為降生日，農曆六月十九日為得道日，農曆九月十九日為出家紀念日，其中最為重要的是觀音降生日。善男信女，除了準備壽麵、生果、素食祭拜，更準備紙紮的「替身」、米糕與桂圓乾，到佛殿前祈求息災降福，俗稱「補運」。除上述祭典外，慈雲寺每日有早、晚課，並固定於每月第二個星期日舉行消災法會，替信眾頌經消災。此外，慈雲寺也推動許多社會慈善及教化事業、興辦慈雲綜合圖書館，推廣花藝、書法、古箏、瑜伽、頌經、素食烹飪、婦女教育等等，可謂多采多姿。上述活動的經費，主要來自信徒募捐，而繁重的業務，則由寺內僅有六、七位師父分別負責。