波羅汶地區是本鄉先民最斗開拓成聚落的地，在初必須與天、與地、與人爭生存的年代，居民亟需一座能夠提供精神慰藉的廟宇，於是在嘉慶初年（距今約二百年前），鄉民為了報酬神恩保佑開墾順利，特地由中崙的三界公廟，崇請三宮大帝刈香，並聘明師暫擇吉地搭壇敬奉。而後諸人又經指點在壇前龍方挖井，竟清泉湧冒而出，解決臨近居民平日缺乏飲水之苦。是以眾人稱奇，三宮大帝聖名乃不脛而走，香火日益鼎盛。
咸豊二年（一八五二年），仕紳張裕光、陳榮章等人倡建三元宮。張氏首捐廟地，及波羅汶、中崙、番子湖、南勢、上北勢、下北勢等八大庄信眾出錢出力，興建三間土牆廟宇，並塑三宮大帝聖牌，配祀南天文衡聖帝、孚佑帝君、司命真君、福德正神聖牌。四年（一八五四年），眾人有感大帝療佑，酬謝「天恩浩蕩」匾額一方，並自此開始由八大庄眾信輪值祭典，至今沿習不輟。
同治五年（一八六六年），該宮設管理人，十年（一八七一年），張裕光、陳榮章再發起籌組三宮嘗會，會份三十二，購置田液，並於每年農曆十月十五日三宮大帝聖誕千秋祭典，舉辦神豬比賽；同時每年提供一千臺斤穀價做為廟祝管理費用。光緒三十四年（明治四十一年，一九○八年），鄉紳傅萬福、陳鴻熙、張煌元等又重建整修，擴建廂房分別做為廚房及會議廳。
光復後，鄉民經濟較為寬裕，眾熱心信士高雲枝、徐勝坪、彭武圓、李雲池、鍾勳貴、張上平、陳濬全、上澄、李錦堂等建議發起改建該宮，於民國六十九年動土改建為南式川宮殿式廟宇。七十一年，再塑三宮大帝及眾配祀神明金身，登龕安奉，至七十九年該宮全部竣工。
現今該宮祭典已擴大為九大庄輪值，有波羅村、鳳凰村、中興村、湖南村、信勢村、孝勢村、仁勢村、愛勢村、中勢村、德盛村一鄰及中崙村二鄰等九個輪值區，每年農曆七月十三日則舉辦神豬比賽，以求國泰民安、四境康寧。