目前隸屬於軍方管轄的淡水海關碼頭，經由淡水的開港徵稅而開始步入台灣歷史發展重要的一頁。話說十九世紀初，中國大陸東南沿海一帶海盜猖獗，不僅嚴重打擊到日益興盛的海上貿易，對於台灣北部，如滬尾（今淡水）、雞籠（今基隆）、噶瑪蘭（今宜蘭）等地居民的身家安全更是構成極大的威脅；有鑑於此，當時的清朝政府在陸續平定完這些海上梟雄之後，決定在台灣北部建立海防設施，將當時原先駐紮在福建的守備營移駐來台，而首選之地就是在當時具有重要軍事與經濟地位的滬尾，地點就在當時紅毛城下水邊的平緩台地上，也就是今日的海關碼頭成立滬尾水師守備營，現為縣定古蹟。

西元 1858 年，淡水因為條約關係被迫開港，為了統理繁雜之關務乃選擇擁有地利之便的滬尾守備營駐紮地作為海關辦公之地，首任外籍副稅務司為英人侯威爾（ John William Howell ），而在歷經幾年的波折之後，終於在 1862 年的 7 月 18 日 正式開市，首任海關監督為區天民，並將之改為滬尾海關公署，並以淡水作為本關總理全台關務，隨後淡水在北台茶葉貿易興盛時期漸漸成為台灣最大的國際港口，直到日治初期淡水還是全台總理關務的龍頭。當淡水在地位逐漸被基隆港取代之時，民國三十四年日軍向同盟國投降，同年 10 月 8 日，國軍台灣指揮所憲兵第四團，即是乘著戎克船由淡水海關碼頭登陸，也是中國官兵踏上本鎮之開端。