該館位於風光明媚的鯉魚潭風景區內，培育高經濟淡水魚種.貝類,設有多媒體教學館.戶外教學景觀區親子溪流區戲水區觸摸池及漁業文物生態展示館,蒐集有河川原生魚種.熱帶觀賞魚.淡水食用魚及相關文獻,供民眾瞭解湖沼生態，館內並有工作人員可提供魚種諮詢、標本及魚拓教作。本所所飼養的魚類都是淡水魚類，而原生魚類只收集花東地區原生魚類。遊客至館區遊憩亦可乘小艇遊湖或漫步湖岸，欣賞湖光山色、輕舟點點，十分寫意，區內餐廳並可提供當地特產各式精緻美食。