鳳凰山寺位於鹿谷鄉鳳凰村,建於嘉慶年間，距今已有百年歷史了，寺內奉祀陰那山慚愧祖師，昔日稱頂城祖師公廟。
據說在清同治13年(西元1874年)，日本人藉端進剿牡丹社，清廷隨即派欽差大臣「沈葆楨」執行臺灣防務，當時沈葆楨施行「開山撫番」政策，先派福建省總兵吳光亮領中路，其兄吳光忠則被派由竹山東進，當時吳光忠開山至此，曾祈求祖師庇佑，並發願他日開山完成將重建廟宇。現在鳳凰山寺門楣上「佑我開山」匾額，便是吳光亮的贈獻。
台灣光復後，頂城改為鳳凰村，鳳凰山寺因而得名，每年農曆3月16日為祖師誕辰，來自各地的信徒都會來此參加酬神廟會，相當熱鬧。