日南站地點在大安溪北岸，已有八十年的歷史，站房具有日式木造站房的典型風貌，至今仍保存相當完整，站房氣氛古色古香，為國內少數幾個古蹟車站的代表之一。因日南火車站歷史悠久，站內有不少寶貝，像是老式原木票櫃就用了幾十年，木頭都變的烏沈發亮，還有一點就是因為站內沒有電腦售票系統，所以仍採取人工售票，賣的還是台鐵各車站己經難得一見的硬卡車票，同時也因為業績不好，很多老車票一直沒賣掉，最早的一張是日南到基隆的普通車票，印製時間是民國五十一年，所有舊車票都依照現在的票價出售，可以成為很獨特的收藏品。

隱藏在樹林之中的日南火車站，是日式木造站房的典型風貌，站房的結構保持的相當良好，目前車站外的巷道內還可以見到日治時代「市區改正」時所遺留下的磚建築，有不少造型特殊的舊式街屋。
站內的舊式響燉也是站內的活骨董，堪稱「鎮站之寶」。值班站長說，這是用來警示的火藥，一旦火鐵路發生意外事故，又無法通知後方的列車時，就將響燉放置在較遠的鐵軌上，等列車碾過，會引燃發出巨大的爆炸聲響，提醒司機停車，以免造成二次事故，現在各火車站雖然也有響燉，不過都是新式設計，很難再看得到舊式響燉。