清乾隆十九年 (西元一七五四年)，台灣民主運動先驅者林獻堂之祖先，林石渡台，將其宗祠供奉之「五穀神農皇帝位」神位牌和太子元帥神像(現奉祀在草湖?)及玄天上帝(帝爺公)神像(現奉祀在霧峰錦榮村內)恭請在台，首居彰化後先居大里市，之後，林石之長子林遜之次子林甲寅遷居阿罩霧（霧峰），並於同治元年(西元一八六二年)，在霧峰中正村四德路興建矮小神農廟及福德祠(此地里乃螃蟹穴)。

同年，匪首載潮春(萬生)及林日成叛亂要攻打阿罩霧，此時林獻堂之祖先林文察(字密卿)官至福建陸路提督，攜師內渡(回大陸)，因此莊中壯丁實力薄弱，但經神農大帝顯神靈指示反攻破敵後匪徒竟在烏溪源頭下毒，經神農大帝令土地公運送甘泉從古樟樹頭湧出(皆稱為土地公井)，拯救阿罩霧居民。提督林文察回台平定兩匪徒後，鬥之亍農大第一再顯靈庇祐之事蹟，於同治元年(西元一八六二年)衣錦還鄉，到神農廟焚香膜拜，令族人重修並獻廟地約三分土地，推耆宿王君邵為管理人，之後其子王烈嗣繼承。於光緒九年再度重修。
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