為卑南遺址留下最早紀錄的是日治初期人類學者鳥居龍藏 。 鳥居四度來臺進行人類學調查期間，曾為卑南遺址的地表石柱拍攝兩幅照片，時間可能是1896年。鹿野忠雄是第一位將卑南遺址當作考古遺址加以研究的學者。他在1930年發表的文章中敘述，有數不清的板岩石柱豎立於地表上。鹿野採用鄰近卑南族的傳說，推測這裡曾存在一個古代部落，石柱是居屋的殘留。日治五十年期間，學者注意之焦點主要是地表的立石遺構。1945年金關丈夫、國分直一首次對最大立石之周圍進行試掘，始初步發現地下的陶器及住屋遺跡。

　　光復以後，陸續前來卑南遺址調查的國內學者不在少數，但都未曾做過發掘。1975年，臺東縣政府將卑南遺址列為地方古蹟，1979年再提升為臺灣地區三級古蹟，只是遺址保護工作並未就此落實。1980年南迴鐵路卑南新站 (今臺東站)開工，將地下沉睡數千年的遺構、遺物大量揭露，並造成嚴重破壞，引起輿論及各方的高度關切。臺東縣政府遂委託臺大考古人類學系宋文薰、連照美兩位教授，進行搶救考古。搶救考古工作共進行13梯次，前後長達9年，成果十分豐碩。無論是發掘面積、出土石棺及遺物數量皆是臺灣考古史的空前紀錄。尤其是大量精美玉器重現於世，令人驚艷。卑南遺址為臺灣最具代表的史前遺址之一，已無庸置疑。