福慈宮前身係一以數塊石板搭蓋的小土地公祠，當地人稱為「長慶廟」，開始時安座在今港口加油站一帶。民國46年，因該地要建中油加油站，乃將福德正神遷到現址奉祀。民國52年9月花蓮港升格為國際港，為配合國際港區及美崙新市區發展，乃由地方士紳馬傳盛發起募捐，將位於港區附近的福德祠改建。
民國56年農曆3月23日媽祖聖誕，地方士紳迎接北港媽祖至花蓮，為花蓮祈福，並暫時搭蓋草壇以恭祝媽祖聖壽。新廟落成後，決定將媽祖與福德正神合祀，定名為「福慈宮」。並於該年農曆5月23日舉行安座大典，增祀天上聖母（媽祖）、神農大帝、太陽星君等神祉。又過三年，復增建左右廂房，供奉清水祖師及關聖帝君之金身。又二年，廟體結構竣工，71年再建拜亭，75年3月戲台落成。
該廟配神中的太陽星君，在花蓮縣的其他廟宇較為少見，太陽星君又稱太陽公、太陽菩薩、太陽神、日神，農曆3月19日為太陽星君誕辰。是否因早期該地多為漁民，祈求陽光普照，海波寧靜，以利舟船航行，而供奉此神，則不得而知了。